Pada tahun 2003 MTs Negeri Pekanbaru mengalami perubahan nama menjadi MTs Negeri Binaan Pekanbaru, dan pada bulan Maret 2010 MTs Negeri Binaan Pekanbaru di nobatkan menjadi Madrasah Andalan di Kota Pekanbaru di singkat menjadi MTsN Andalan Pekanbaru melalui Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi, serta pada bulan November 2016 melalui Surat  Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 669 Tahun 2016 kembali mengalami perubahan Nama menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kota Pekanbaru.